В альтернативной реальности, соответствующей началу XX века, маленькая девочка по имени Сита обладает Летающим Камнем, который является предметом охоты агентов правительства и пиратов из-за его огромной ценности. Спасаясь от преследования, Сита встречает своего ровесника Падзу, который работает в шахтерском городке. Вместе они узнают, что Камень является ключом к таинственному летающему острову Лапута.